第 1 节 “约拿在鱼腹中祷告耶和华他的神。” 以下的祷告（约拿书 2:2-9）不是求拯救的祈求，而是为已经蒙受的拯救而献上的感谢和赞美。然而，由此绝不能推出：约拿直到被吐到陆地上之后才发出这篇祷告，因此第 10 节应当插在第 2 节之前；正如早期注释家所指出的，事实乃是：约拿既被鱼吞下，又发现自己在鱼腹中仍得保全性命，便把这看作他必蒙拯救的凭据，因此赞美主。路德也指出：“他并不是在鱼腹中亲口说出这些一字一句，并如此有条理地加以安排；而是在这里表明，当他与死亡搏斗时，他心里的光景如何，他所怀的思想为何。” “他的神”（אלהיו）这一说法不可忽略。
他祷告不单是向耶和华，正如那些外邦水手也曾如此行（约拿书 1:14）；他乃是向耶和华作为“他的神”祷告，就是那位他曾试图逃避、如今在死亡危险中又重新称为“他的神”的主。“他借着称颂祂为他的神，显明了自己的信心”（Burk）。这篇祷告大部分由诗篇中的经文回忆构成，这些经文与约拿当时的处境如此贴切，以致他即使用自己的话，也不能更好地表达自己的思想和感情。它绝不是像 Knobel 和 De Wette 所说的那样，“由诗篇经文机械拼凑而成”，因而就有理由断定它“是后人归给约拿的一篇作品”；相反，它乃是一个熟悉圣经、活在神话语中的人所发出的单纯自然之言，且与先知的处境和心境完全相符。
祷告以承认主已经垂听他在患难中的呼求开始（约拿书 2:2），接着用两段诗节（约拿书 2:3 和约拿书 2:4，约拿书 2:5-7）描写他所陷入的患难，以及从那看来无可避免的灭亡中蒙拯救出来，最后在约拿书 2:8、约拿书 2:9 以感恩的许愿结束，为所蒙受的拯救称谢。
第 2 节 2 我遭遇患难求告耶和华，你就应允我； 我从阴间的腹中呼求，你就俯听我的声音！ 第一分句使人想起诗篇 18:6 和诗篇 120:1；但它也显出自己是对 מצּרה לי 这一表达的原创性重述，这一说法比诗篇 17:1-15 中的 בּצּר־לי 和诗篇 120:1-7 中的 בּצּרתה לּי 更尖锐地表达了先知的处境。第二半句用 מבּטן שׁאול 这一说法，即“从阴间的腹中”，更细致地界定了这患难。正如以赛亚书 5:14 把喉咙或吞咽归于阴间，这里也说阴间有 בטן，即腹。这不可像耶柔米所认为的那样，理解为鱼腹。这一说法乃是诗意的比喻，用来表示死亡的危险，似乎毫无逃脱之路；正如诗篇 18:4 所说被死亡的绳索缠绕，诗篇 30:3 所说从阴间把灵魂提上来。最后一句的话很自然地转为直接向耶和华说话，这一转折又因省略连接词 Vav 而显得更为突出。
第 3-4 节 3 你将我投下深渊，就是海的深处； 大水环绕我； 你的波浪洪涛都漫过我身。4 我说，我从你眼前虽被驱逐， 我仍要仰望你的圣殿。对死亡危险更细致的描写借着 Vav consec. 连于前文，这里不是表示时间上的先后，而是表示思想上的承接。耶和华把他投进海的深处，因为那些水手不过是执行耶和华加在他身上的刑罚。Metsūlâh，深处，借着“海的中心”被界定为海洋最深的深渊。这里用复数 yammı̄m（诸海），而不用出埃及记 15:8 所说的单数“海的中心”（yâm），是有明显意义的，为要表达无边无际的汪洋大海这一观念（见 Dietrich, Abhandlung zur hebr. Grammatik，第 16、17 页）。
接下来的分句是状语分句，意思是：海流把我围住，耶和华所掀起风暴的海中一切波浪洪涛都漫过我。Nâhâr，河流或水流，这里是指海的奔流或洋流，如诗篇 24:2。第二半句的话是对诗篇 42:7 的回忆。可拉后裔的诗人在那篇诗里从属灵经历上所经验到的，即一波又一波的患难漫过他，先知这里则是在字面意义上真实经历了。约拿“并没有说，海中的波浪洪涛漫过我；而是说，你的波浪，你的洪涛，因为他在良心里感到，这有波浪洪涛的海乃是神和祂忿怒的仆役，为要刑罚罪”（路德）。
约拿书 2:4 构成约拿书 2:3 的结语：“当你把我投下深渊时，我就说（即，心里说，也就是我想），我从你眼前被赶逐了，也就是离开了你保护和眷顾的范围。” 这些话取自对诗篇 31:22 的回忆，只是把诗中的 נגרזתּי 换成了 נגרשׁתּי。第二半句则以转折方式接上。אך，正如 Hitzig 所设想的，没有必要改成 אך = איך，它像别处的 אכם 一样，以强烈的方式引入对比，意思是“然而”“仍然”，如以赛亚书 14:15；诗篇 49:15；约伯记 13:15（参 Ewald, §354, a）。那种以为自己已经完了的念头，被信心的把握所对抗：他仍要仰望主的圣殿，也就是说，还要再次来到主面前，在祂殿中敬拜祂。这一确信使人想起诗篇 5:7。
接下来的一段用全新的思想转折，更进一步展开这样一个观念：借着主的恩典，他再次奇妙地从死亡之门中被救拔出来，重见世上的光。
第 5-7 节 5 诸水环绕我，几乎淹没我的性命； 深渊围住我； 海草缠绕我的头。 6 我下到山根； 地的门闩将我永远关住。 耶和华我的神啊，你却将我的性命从坑中救出来。 7 我心在我里面发昏的时候，我就想念耶和华； 我的祷告进入你的圣殿，达到你面前。 这一诗节像前一段一样，以描写死亡的危险开始，为要更充分地表达充满先知心中的奇妙拯救这一思想。
第 5 节第一句使人想起诗篇 18:4 和诗篇 69:1；诗篇 69:1 的“众水漫过，几乎淹没我”这一说法，只是借着 אפפוּני 并照诗篇 18:4 的语气加重了。海水四面围住他，直逼性命，使他看起来好像生命已经完了。Tehōm，即海洋深不可测的洪流，围住了他。Sūph，灯心草，即生长在海底的海草，缠绕在他的头上；这样，他就沉到了最深之处。这一思想在第 6 节中表达得更清楚。קצבי הרים，“山的尽头”（出自 qâtsabh，切断，所切断之物，继而指任何东西终止之处），就是山的根基与根部，它们位于地的深处，甚至达到海的根基（参诗篇 18:15）。当他沉入深处时，大地在他背后关上了门闩（הארץ 被绝对地置于句首）。
地的门闩在约拿身后关上的这一图像，只在此处出现（בּעד 来自短语 סגר הדּלת בּעד，意为把门在某人身后关上：创世记 7:16；列王纪下 4:4-5，列王纪下 4:33；以赛亚书 26:20），它与约伯记 38:10 所出现的海洋有门和闩的观念相类似。海的门闩乃是海盆的壁垒，它们为海设定界限，使海不能越过。因此，地的门闩只能是那种阻止陆地向海扩展的障碍。这些障碍就是海浪的重量和力量，它们阻止陆地侵入海洋。
这种海浪的重量，或者说大水团的压力，当约拿沉到海底时压在他身上，便把返回大地（陆地）的道路在他身后关闭或闩上，正如房屋门前所拉上的门闩封住进入之路一样；因此，这里既不是指“突出于水面的岩石，使人无法从海中上到陆地”，也不是指“那极其致密的大地构造，将深渊所覆盖之下的约拿封闭其中”（Marck）。主从这坟墓中“将他的性命提上来”。Shachath 被早期译者（七十士译本、迦勒底译本、叙利亚译本、武加大译本）译为 φθορά，corruptio，即“朽坏”；这种译法虽被许多近代译者完全摒弃，但在约伯记 17:14 确实无疑是正确的，因为在那里“坑”这一意思极不合适。然而在这里却绝不能据此定论。
这里的思想与诗篇 30:3 相似，因此更应取“坑”即洞穴或坟墓之意，如诗篇 30:9；在那里 shachath 与约拿书 2:4 中的 בּור 和 שׁאול 可互换使用，显然同义。约拿书 2:7 乃是仿照诗篇 142:3 或诗篇 143:4 写成，只是用 נפשׁי 代替了 רוּחי，因为约拿所说的并不是灵被昏厥笼罩，而是生命因溺水而沉入黑夜和死亡的幽暗。התעטּף，字面意为遮蔽自己，因此引申为沉入黑夜与昏厥、衰残下去。עלי，“在我身上”或“在我里面”，因为“我”作为位格包含着魂或生命（参诗篇 42:4）。当他的生命将要沉入死亡的黑夜时，他在祷告中想念耶和华；他的祷告达到神在其圣殿中那里，耶和华作为祂百姓的神和王坐着为王（诗篇 18:6；诗篇 88:2）。
但祷告若达到神那里，祂就施行帮助，也施行拯救。这便唤醒人对主的信靠，并催促人献上赞美和感谢。这些思想构成最后一段诗节，感恩诗也因此恰当地结束。
第 8-9 节 8 那信奉虚无之神的人， 离弃怜悯他们的主； 9 但我必用感谢的声音献祭与你。我所许的愿，我必偿还。救恩出于耶和华。为了强有力地表达这样一个思想：唯有从永活的神耶和华那里才可盼望得着救恩和拯救，约拿指出那些拜偶像的人如何丧失他们的怜悯。משׁמּרים הבלי־שׁוא 使人想起诗篇 31:6。הבלי־שׁוא，虚空的虚无之物，是人所制造并当作偶像或倚靠对象的一切东西。按照申命记 32:21，הבלים 就是假神或偶像。Shâmar，守、持守；用于假神时，意为依附它们或敬奉它们；在何西阿书 4:10 中也用于耶和华。
חסדּם 既不是 pietatem suam，也不是 gratiam a Deo ipsis exhibitam，更不是“他们可能领受的一切恩惠和慈爱”（Hitzig）；它乃是指神自己，指那位其治理纯然是恩典的神（见创世记 24:27），祂甚至也本可以成为拜偶像之人的恩典。相反，约拿和一切义人一样，要向主献祭，b e qōl tōdâh，“用感谢的声音或呼声”，也就是说，要以真诚感恩的祷告献上祭物（参诗篇 42:4），并偿还他在患难中所许的愿（参诗篇 50:14，诗篇 50:23）。这些话是建立在他对自己必蒙拯救的盼望之上（Hitzig）；而这盼望的根据，就是“救恩出于耶和华”，也就是说，救恩在祂的权能之中，因此唯有祂能赐下救恩。
第 10 节 “耶和华吩咐鱼，鱼就把约拿吐在旱地上。” 神如何说话，或如何发命，能从 ויּקא וגו 这句话推知。居里罗对此解释得很恰当：“那鲸鱼再次被神某种神圣而隐秘的能力所驱使，被推动去行那在祂看来为美的事。” 约拿被吐上的陆地，自然是巴勒斯坦的海岸，很可能是约帕附近一带。根据约拿书 2:1，这事发生在他被鱼吞下后的第三日。