第1节 耶和华对挪亚说：“你和你的全家都要进入方舟，因为在这世代中，我见你在我面前是义人。” 耶和华对挪亚说：“你进……”方舟已经造完；挪亚如今以完全顺服的信心之灵，就是那一直支配他全部行为的信心，等候神的指示。这番话不是命令或呼召他立刻进去，而只是如后文所见（创世记7:7-9），叫他为在指定的日子进入作准备。“因为在这世代中，我见你在我面前是义人。”这里暗示洪水以前世人的普遍邪恶，与挪亚火热而恒久的敬虔形成对照（以西结书14:14）；并且清楚表明这将临的安排具有刑罚性质，同时也显出对这位圣洁族长施行报偿性的公义。并不是说他凭自己内在的功德有权免于普遍的毁灭；而是因为他“在耶和华眼前蒙恩”，单单是因信靠“更美的义”，并以此为倚靠；从这个意义上说，他所得的救恩可被看作赏赐。这位族长和他一家奇妙地蒙保守，极清楚地表明，除他们以外全世界的毁灭，并非盲目偶然的结果，也不是一位对义人与恶人毫无分别的至高者所行的事，而是全地审判者所施行的报应；祂所行的都是对的。
第2-3节 “凡洁净的畜类，你要带七公七母；不洁净的畜类，你要带一公一母……” “凡洁净的畜类，你要带七公七母；不洁净的畜类，你要带一公一母。” “凡洁净的畜类，你要带七个。”把走兽分为洁净与不洁净，这种区别在极早时期就已存在；起初它源于某些类别的动物才适合作祭牲，而这些关于献祭的条例在族长时代已被制定，后来大概又在利未律法中重新颁布（参创世记15:9与利未记1:2；1:10；1:14），之后又扩展到那些适合作人食物的动物（利未记11:3-4）。无论这种区分是出于神的权威，还是出于早期人类与生俱来的感觉，使他们在某些动物身上看见罪与败坏的表征，因而避开它们，这一区分都得到了神的认可。各种“洁净”的牲畜都要七个带进方舟。
古代注释家，如加尔文，以及近代的Gesenius、Tuch、Delitzsch，都认为这里指七个个体；关于这些被称为“洁净”的动物，其进入方舟的一般规则是，无论兽类还是鸟类，都带三对以保全并延续其种类，第七个则留作献祭。但近代学者一般拒绝此说；他们像Knobel一样，根据“七个”一词的重复〔希伯来文 shib`aah shib`aah，希伯来文中分配数常借重复基数词来表达；而本节末尾的“两”shªnayim只出现一次〕，认为这里是指七对。他们认为这种解释既由附加的“公和母”这几个字所指明，也由后文所记（创世记7:9）这些动物是“一对一对地”进入方舟这一事实得到证实。
当然，“空中的飞鸟”按同样原则也必须理解为七对带进方舟；并且七十士译本为防误解，还加上了我们现有希伯来文本所没有的一句限制语：“不洁净的飞鸟则一公一母各二。”命令把这么多“洁净”的动物带进方舟，其原因极可能是：当地得更新之后，它们迅速繁殖极为重要，因为它们或可作食物，或供人役使，并且也是献祭所必需的。因此，虽然“爬物”在将要带进方舟的生物中已被提到（创世记6:20），这里却没有再提它们；因为爬虫被算作不洁净的动物，其中没有任何种类被视为适于献祭。有些人因这章和前一章对神使用了不同名称，就认为它们出自不同原始文献，并声称两处关于将被带进方舟的动物有明显矛盾：前者（创世记6:19）说每样“两个”，这里（创世记7:2-3）却说“七个”。
但这叙述的一致性无可指摘；只要把本章开头看作前章的补充，如同创世记2章是对创世记1章的补充一样，其中包含若干更细的细节，而这些并未包括在最初赐给挪亚的一般指示中，困难便立刻消除了。一处命令挪亚把兽类和飞鸟按一对一对、公母成双带进来，另一处则具体说明要带进来的对数。因此，这两章之间并无矛盾。
第4节 “因为再过七天，我要降雨在地上四十昼夜；我所造的各种活物，都从地上除灭。” “再过七天。”这话是在第十天说的（参创世记7:11）。在人类早期，人与造物主之间一切特别的交通，大概都是在安息日或每周的圣日进行的，因此这命令也是在安息日赐给挪亚的。随后安息日之后的六天里，他进入方舟，带着与他同在的七个人，以及走兽飞鸟，并为全体准备食物（Bedford《圣经年代学》）。不过，也有人认为创世记7:5与7:16之间所记的事先前已经发生，最后这七天所剩下要做的，不过是挪亚与家人进入方舟，而这额外的七天宽限是赐给世界的。何等庄严的间隔！全世界悔改最后的恩典期限，只剩一周了！他们怎样使用这段时间呢？他们是否仍像先前一样，嘲笑挪亚，把他当作愚昧人？有些人看见各样动物成双成对地走向方舟这奇异景象，或许会认真思想，甚至可能在最后时刻悔改归正。但对于当时活着的绝大多数洪前世人，那位看见并感受到人类一切罪恶与悖逆之全貌的主，已经告诉我们他们是如何放纵不顾的（路加福音17:27）。
第5-8节 “挪亚就遵着耶和华所吩咐的行了。” JFB对这些经文没有注释。
第9节 “都是一对一对地，有公有母，到挪亚那里进入方舟，正如神所吩咐挪亚的。” “一对一对地进去。”这些动物不是挪亚去寻找、追赶、驱入方舟的；它们是自己列队进去的。它们的行动或许部分可由某种身体上可感知的印象与不安来解释，好像候鸟受某种引导一般；又或者是出于那种自然本能，使动物在隐约预感危险时寻求人的庇护。但除了这类生理冲动之外，它们必然还受到了神至高指引的推动，因为若非如此，就无法解释它们何以成双成对地进去。
第10节 “过了那七天，洪水泛滥在地上。” JFB对这节经文没有注释。
第11节 “当挪亚六百岁，二月十七日那一天，大渊的泉源都裂开了，天上的窗户也敞开了。” “挪亚六百岁那一年。”如前所述（见创世记5章注），这里的“年”是按十二个月、即360天计算的。“二月。”出埃及以前，希伯来人以提斯利月为岁首，在秋分时节，相当于我们九月中旬，也是播种的开始。约瑟夫（卷1，3，3）说这是挪亚进入方舟的季节；Keil、Baumgarten、Ewald、Knobel、Delitzsch也采纳此见解，而且这一看法还因以下情况更显可信：洪水若发生在地上果实收割之后不久，方舟就更容易储备充足的食物；同时洪水也会是在冬季月份倾倒于地，因为若一月始于9月21日，则二月十七日（March-esvan）就是11月7日。
但另一些人认为，摩西是为使本国人直接受益而写作，所以是按他们熟悉的希伯来历法来计算的。以色列人的圣年或宗教年始于尼散月（约三月中旬），因此第二个月，即“伊珥月”，相当于四月下半月和五月上半月，那是晴朗干燥的季节，宁静的天空与无云的苍穹会使洪水成为最不可能发生的事。这也是圣史在摩西五经中通常采用的纪年法（另见创世记8:4注）。“大渊的泉源裂开了”〔tªhowm〕。“海”只有在庄严的语境中才被称为“大渊”，表示深不可测的水体，如创造史（创世记1:2）和洪水史中，或那些借用这些叙述来描写荒凉景象的诗歌经文中（诗篇36:7；104:6；申命记33:13；阿摩司书8:4；以赛亚书61:10）。其水的储藏库因某些潜藏的力量冲破天然屏障，便产生汹涌的水流爆发。“天上的窗户开了”〔'ªrubot〕。
这个希伯来词指的是带格子的窗户或孔口，不是玻璃窗（参创世记6:16与传道书12:3；以赛亚书60:8），因此说它们“开了”；意思是云中的水不再像透过致密网孔那样缓慢柔和地渗下，而是像通过闸门或水槽一般倾泻而下〔七十士译本：Katarraktai〕（参列王纪下7:2；7:19；以赛亚书24:18；玛拉基书3:10）。这语言高度形象化，旨在生动描绘那可怕的大洪水，同时来自两个相反的源头，即大气层与地下的蓄水处；前者表示大雨丰沛而持续地下，后者则表示河海的河床被掀动，或人类实际居住的那部分土地下沉到海平面以下。
第12节 “四十昼夜降大雨在地上。” “雨下在地上。”〔geshem，不同于一般意义上的雨 maaTaar，乃指异常而持续的暴雨；参约伯记37:6；撒迦利亚书10:1〕。“四十昼夜。”各国各时代在使用所谓代表性数字方面都有习惯，即以一个确定的数表达不确定的大量。希腊人若要表达数量极大却不确定，便说“一万”；罗马人说“六百”；东方人则说“四十”。“四十大盗”、“埃尔阿尔拜姆修道院殉道的四十修士”，以及圣经中多处类似用法，都是以一个确定数字来表达“许多”的意思。然而，很明显，虽然这词在别处可能用得很泛，这叙述中却并非如此；因为洪水的进程和持续时间都记载得格外精确，所以这里必须按字面理解为四十天。
第13节 “正当那日，挪亚和他三个儿子闪、含、雅弗，并挪亚的妻子和三个儿妇，都进入方舟。” “就在那一日，挪亚和闪、含、雅弗进入了。”按东方的习惯，凡提到方舟中得救之人的经文，总是先提男人（参创世记6:18；8:18），惟有创世记8:16例外。“进入”〔baa'〕，应作过去完成时，“已经进了”，不是“就在那时进”。意思不是说挪亚一家和所有动物恰在降雨开始的那一天才进去，而是说到那日他已经进入了，进入这一过程已完成；这过程占用了从命令发出（创世记7:4）到洪水开始（创世记7:10）之间的七天（Delitzsch）。
第14节 “他们和百兽，各从其类；一切牲畜，各从其类；地上一切爬物，各从其类；一切禽鸟，各从其类；凡有翅膀的，都进入方舟。” “百兽各从其类，一切牲畜各从其类。”希伯来文 chayaah，无论是否带“地上的”haa'aarets，都表示田野的兽、野兽（创世记1:24）。bªheemaah则不仅包括牛群羊群，也包括驴、骆驼和其他负重的牲畜（民数记32:26；列王纪下3:17）。注意这一区分很重要，因为虽然在第一次宣告中提到“凡有血肉的活物”（创世记6:19），但在四足类中明确提到的只是家畜（创世记7:20）；而若把野兽也算进去，就会大大影响我们对方舟容纳量和粮食供应困难程度所作的一切估计。Pye Smith博士认为，“野生动物”是那些我们今天称作猎物的动物，即对人有用、但尚未驯化的；“牲畜”（创世记6:19）则是较大的家养哺乳动物，如上所列者，并包括若干鹿类和山羊类；同节提到的“爬物”是较小的四足动物；“鸟类”则是那些温顺、有益、令人愉悦的种类。
第15节 “凡有血肉、有生命气息的，都一对一对地到挪亚那里，进入方舟。” JFB对这节经文没有注释。
第16节 “凡有血肉进入的，都是有公有母，正如神所吩咐挪亚的。耶和华就把他关在方舟里头。” “正如神所吩咐他的；耶和华就把他关在里头。”有人试图这样解释这里两个神名的使用：说神作为创造主，在关于方舟的命令中是在为祂的受造物预备；而“耶和华”把挪亚和他一家关在里面，则是在保守祂的教会。但这实在过于细巧，神名的交替使用似乎并无任何隐藏的意义。“把他关在里面”字面是“在他身后（四围）把门关上”；这表示虽然毁灭性的灾祸即将临到世界，但他是神特别看顾和保护的对象；而对外面的人来说，恩典的时期几乎已经结束了（参马太福音25:10）。
第17-18节 “洪水泛滥在地上四十天，水就浩大起来，把方舟从地上漂起。” “洪水在地上四十天。”这是指前面所提到的雨水降下和地下水道涌出（创世记7:12）。“四十昼夜”一语，通常说是从这节的希伯来文本中脱落了，因为七十士译本以及许多拉丁武加大译本的抄本和版本中都有；而且很可能，这些译本之所以加上这些字，是根据创世记7:12更完整的表述。Davidson在《释经学》中说：“把这表面上的不一致解释为前一处指自然日夜、各十二小时，后一处指二十四小时的民用日，并不是好办法。这样，同一章中的‘日’字就被赋予了很不相同的意义，至少是多余的。” 调和两处最简单、最明显的方法，就是认为这些字是抄写者不慎遗漏，应当恢复到经文中；经文便应按创世记7:12读作：“洪水在地上四十昼夜。” “水势浩大起来。”方舟经过四十天才浮起来，这说明洪水并非突然猛烈地冲来，而是缓慢平稳地上涨；这对挪亚而言，是神先前关于洪水之预告必将实现的凭据；对不信的世界而言，则是最后、却仍极其可怕的警告。圣史以多次重复的语言写来，分外有力、形象，不仅像是在记录，更像是在重现那历史现场：当“水势浩大，涨过地面”时，方舟“顺着命定的航道漂浮，向上升起，直到漫天大雨止息，狂风也睡了；四围听不见别的声音，只有牲畜的叫声和无边海面的频频涟漪。”
第19节 “水势在地上极其浩大，天下的高山都淹没了。” “天下的高山都淹没了。”这是目击者记录自己所见景象的见证，因此“所有的山”就是他肉眼视野所及的一切山岭，即亚美尼亚的高地。很明显，鉴于古人对地理以及地球结构所知有限，“普天下之下”这句话不能按最字面的意义理解，而必须有限定地来明白；圣经中还有许多处经文，使用同样普遍性的字眼却带有限制意义。例子如申命记2:25，应许说以色列人的惊惧要临到“天下万民”；但与11:25相比，那里说他们的“惊恐”“惧怕”要临到他们所踏之“全地”，就可看出，无需证明，这话只适用于迦南人和邻近列国。又如使徒行传2:5，说五旬节那天，“有虔诚的犹太人，从天下各国来，住在耶路撒冷”；但随后列举的名字（徒2:9-11）显然并不包括所有民族。再如歌罗西书1:23，说福音已经“传与普天下万人听”，其实所指不过是构成罗马帝国的主要地区。
第20节 “水势比山高过十五肘，山岭都淹没了。” “高过十五肘。”若按一肘十八英寸计算，那么水面就比最高山峰高出二十三英尺；而这种用测锤探得的准确水深，表明当时不仅作了谨慎观察，也由挪亚或他家中的某人作了忠实记录。但Delitzsch认为：“这句说水比山高十五肘，也许是根据这样一个事实：方舟吃水十五肘；当水退去时，它停在亚拉腊山上，因此很自然地据此推断出洪水达到的最大高度。”（见创世记8:4注）
第21节 “凡在地上行动有血肉的，飞鸟、牲畜、走兽和地上一切爬物，以及所有的人，都死了。” “凡在地上行动有血肉的都死了。”希伯来文中通常译作“地”的那个词，也极常表示“土地”“国家”或“地区”；“全地”或“遍地”在许多地方都被译作“那地”“全地”“遍地”，有时指几个国家合成的一大片地区，有时则指一个国家。好些地方，如列王纪上10:24；耶利米书51:7；51:25；51:40；但以理书2:39，其中译作“全地”的地方，显然无可否认只是指地上的部分区域。照着圣经这种用法，基于稍后将说明的理由，我们在本节也限制这些词的适用范围，把“凡有血肉的”“凡鼻孔里有气息的”“各种活物”理解为只是就神审判宣告所涵盖的对象而言具有普遍性，也就是那敬虔缺失、罪恶极大的洪前人类，他们的巨大邪恶乃是这审判的道德原因；并包括那些服役于他们或住在他们附近的低等动物；按通常的护理，这些动物也会在普遍灾祸中一同受害。
第22节 “凡在旱地上、鼻孔有生命气息的，都死了。” JFB对这节经文没有注释。
第23节 “凡地上各类的活物，连人带牲畜、爬物，以及空中的飞鸟，都从地上除灭了；只留下挪亚和那些与他同在方舟里的。” “只留下挪亚和那些与他同在方舟里的。”神本可以借神迹救挪亚一家，但祂选择借着一只方舟来成就这事，这方舟足够大、足够坚固，能容纳那些要藉此从水墓中被救出的活物；并且，祂顾念自己为物质世界所立的法则，没有使神迹超出必要范围。由此可见，圣经记载并非寓言。关于洪水的历史真实性，还有一条有力论据：摩西写作时距洪水并不遥远；按人当时寿命较长来算，洪水离摩西的时代并不比宗教改革离我们今天更远。那么，今日任何稍有常识的人，会相信亨利八世是英格兰第一位君王吗？会相信在他时代曾有洪水淹没这岛上及全世界所有居民，只剩七八个人，而今天所有的人都出于他们吗？然而，尽管这听来荒谬，如果摩西关于洪水的记载是假的，那么对于他同时代的人来说，它并不比这更不荒谬。再者，这叙述中包含大量细微说明，如方舟的形状和尺寸、门与窗的位置、洁净与不洁净的兽类数目、食物储备、水势高度，以及水何年何月何日降在地上、何时停止，都记得如此细密而准确，这与把它看作神话叙述的假设绝不相容。据约瑟夫所言，文字在洪水前就已使用；方舟中的人对每日发生之事所作的精确观察，似乎都忠实记在航海日志中，摩西的记述大概就是由那份古文献或其抄本而来。
长期以来，人们一直讨论这场洪水的范围究竟是局部还是普世。持后者观点的人，自然诉诸圣史的语言；他既说“洪水在地上”，又说“天下的高山”，又说“地上一切活物都被除灭”，似乎最明显地表示洪水覆盖了全球。他们也提到被带进方舟的大量飞鸟；这种动物比一切陆生动物更有优势，可以飞往更远地区自救，如果真有未被洪水毁灭的地方的话。最后，他们很重视这样一个事实：关于这场几乎灭绝人类的洪水传说，世界各地几乎都有。对此可以回答说，首先，圣史的语言并不必然意味着洪水漫过全地。圣经中普遍性的词常常以局部、受限的意思使用。本叙述里就有一例（参创世记6:12；6:17与6:8）。
此外，还有许多实例表明一个有限地区会用“全地”这样的普遍语言来描述，如“全地”可指迦勒底帝国（耶利米书51:7；51:25；51:49）、亚历山大大帝的帝国（但以理书2:39），或迦南地（申命记34:1；以赛亚书7:24；10:14；耶利米书1:18；4:20；8:16；12:12；40:4；西番雅书1:18；3:8；3:19；撒迦利亚书14:10；罗马书9:28）；而以普遍词表达“大量”或“多数”的例子也很多（创世记41:56-57“各地”，意思是邻近各国；出埃及记9:6；9:9-10；9:19；9:22；9:25，与创世记11:25；10:5；10:15；32:3；申命记2:25；约书亚记11:23；列王纪上4:34；10:24；历代志上14:17；历代志下9:23；路加福音2:1；歌罗西书1:23）。
既然圣史的通常用法表明普遍词常以有限义使用，再加上科学各分支所提出的考虑，就迫使我们在这叙述中也如此限制摩西的语言；并相信虽然挪亚和摩西本人可能都以为世界完全被淹没，但实际上这场毁灭性的洪水只覆盖了世界有限的一部分，事实上并未远超人类居住的地区。
圣经叙述提到造成洪水的两种自然因素：其一，近六周不停的降雨；其二，海洋异常涌出的水。这两者在某一地区积聚，至今仍常引发灾难性洪患。但“大渊”的全部水量，加上所有降雨量，其实都很有限，因为雨不过是海洋蒸发升入大气、再经河流或雨水回归原处的水汽；若把这些水平均铺满全球，水深不过几英寸。反之，若要使洪水漫过世上已知最高山脉之巅，就需要高出通常海平面五英里的水量。Pye Smith博士计算，这将需要比现有海洋总量大八倍的水。全能的能力当然可以创造这样毁灭性的水体，并在完成其致命使命后将它消灭；但神圣叙事丝毫未提到这种创造。并且，如此巨大的水量会增加地球赤道直径，极大增强地球重力，引起整个太阳系严重紊乱，除非再加许多惊人的神迹，根本无法补救。此外，普世洪水必然会毁灭世界植被。正如前引作者所说：“不仅山谷中最娇嫩的花朵，连大多数陆生植物，尤其那些在体积与用途上最重要的，如木材树种、果树、各种谷类和草类，都只要短时浸没在水中便失去生机；所以若淹没时间等于洪水持续期，它们就会腐败，在很大程度上分解。” 因此，若严格按普世洪水理解，待水退去之后，植物界的主要部分就必须重新受造。但并无证据表明种子曾在亚洲被重新创造，再分布到全世界；因为美洲至今仍以其奇特的植物特征而闻名。
地质学也反对普世洪水说，因为现今已公认，那些在高地发现的贝壳乃是较早期某些猛烈洪水沉积的产物，这与圣经叙述中相对平静的洪水不同；而且，奥弗涅山火山顶上的轻石若曾被洪水冲刷，本该早已被移走，但据最杰出的地质学家所能计算，它们在历史时期内并未受到扰动。至于动物学，与普世洪水理论有关的困难更大。方舟并未为那些水中生活的无数动物提供保全措施；人们假定这没有必要，因为它们在自己的元素中足够安全。但相当大一部分鱼类是造物主造来生活在河流和淡水湖中的；若全地被咸海或半咸水覆盖，它们就必定灭绝。甚至天然生活在海洋中的鱼类，也会因水质被长期大量雨水大大稀释、改变，而逐渐衰弱死亡。各类生物不仅会因平日食物，即水草或小鱼，的丧失而严重受害，也会因水量与水压的增加而受影响。
至于陆生动物，更有重重难题：性情与习性最相反的生物都必须同处方舟，狮子老虎与牛羊同在，鹰、秃鹫、鹞鹰与鸽子麻雀同在，海象和河马要被放在干燥圈中，最毒的蛇与温顺的哺乳动物同处。此外，现代博物学已积累大量确切事实，说明低等动物各类的数量与地理分布，这些都是古代所不知的，因而古注释家传统的估计已被证明远远不足。他们认为方舟里除挪亚一家外，活物不过二种，至多三百种；但现代科学给动物界成员作出的估计完全不同。按照关于动物学此题最新且最好的权威，已知物种数量与分类如下：哺乳类1,658种，鸟类6,266种，爬行类642种（不含海蛇与龟类，因为它们属两栖），昆虫500,000种；总数达508,566种，而且人类知识还在不断增加。
若把这数字乘开，不洁净的按二、洁净的按七，总数就会超过一百万活物；如果每一种陆生动物都在方舟中有代表，那么在那艘巨船里就必须按它们各自习性安排住宿，并供应足够食物。再者，各地区都有自己特有的动植物群；所有这些种类都有原生地、特定栖息处、适合它们的食物来源，而其体质也适应当地气候。因此，若按普世洪水说，我们就必须设想一群群色杂纷陈的走兽、飞鸟、爬虫，从最遥远而相反的地区朝挪亚预备的方舟前来，极地与热带的居民都来到一个温带国家寄居，而那里的气候对北极和赤道动物都同样不适合。需要耗费多少时间！缺乏适当食物要忍受多少困苦！会遇见多少困难！来自欧洲、美洲、澳洲、亚洲、非洲和无数海岛的动物，要忍受何等极端的气候！若无神迹保守，它们根本不可能完成旅程。
不仅如此，洪水退后，当它们又要分散回各自家园时，还得花多年穿越海洋与大陆、越过山岭与平原；若无再一次神迹，它们也不可能准确回到各自应居住的地方。正如Hitchcock所说：“确实，若说它们以自然方式被召集又分散，这想法荒谬得根本难以置信；所以我们不是要求助于神迹，就是得假设洪水后又有一次新的创造。” 这些及其他环绕普世洪水理论的难题，使大多数现代作者转而主张洪水是局部的，只限于人类居住区域。圣经故事的条件，只要承认除挪亚一家外，全人类在这可怕灾祸中都灭亡了，就已完全满足。那时人类尚只占据西亚西部一小片地方，他们的人口相对很少，这从一个事实即可看出：挪亚的传道是在那一代所有人的听闻范围之内。
但是，近来有批评者一再、并且满有把握地主张，局部洪水的观念与数学和物理学相违，因为科学告诉我们，除非重力奇迹般停止作用，水在地表上总会自动趋于同一水平。这反对意见乃建立于对地质学 doctrine 的无知之上；而该学说如今已经稳固确立，即大片陆地沉入深海之下，乃是经常发生的现象。就不必追溯太久，1819年印度河三角洲就有两千平方英里的土地下沉，变成内海。事实上，如今普遍认为局部洪灾是由地面下沉造成的；而一般看法是，挪亚的日子所发生的，不过是在自然原因下曾多次发生的事，只不过那一次带有神迹性质，因为神预先发出警告。那位向天挑战的同时代人脚下的土地，开始缓慢而几乎不觉地沉陷。随着地面渐渐下沉，裂缝在沉降面上形成，其中一些很快就与海洋相通，“大渊的泉源裂开”，水便涌入成洪。
与此同时，天空中的大气扰动也与下面裂开的地面相互作用，倾下厚重而持续的暴雨，使每条微小溪流都涨成巨大而不可抵挡的急流，从而加剧迅速积聚的洪水；但实际上，这场灾变更多是由海洋倒灌造成，而非云中之水。较低的高地一个接一个消失，直到最高山峰也被深渊吞没；除了方舟之外，在视野所及之处，再无别的，只剩下铺天盖地、凄凉无边的水域。圣史所给出的洪水叙述，是按外观、以日常生活语言来描述事物；因此说“水高过山岭”。但若用科学术语来说，这意味着土地下沉，海水涌入，填满了下陷的区域；在刑罚性的安排完成之后，地面又重新隆起，海水退回原来的水道，土地恢复到原先的高度。
在西亚，有一片显著低陷的区域，从咸海延伸到北面的高加索草原，再沿里海南岸弯转，涵盖亚拉腊山和大盐漠。正如Ansted所说，这片区域“构成了人类大家庭公认中心相当可观的一部分。里海（海面低于海平面83.5英尺，某些地方深达600英尺）和咸海占据了一大片空间中的最低部分，这片空间总面积不少于十万平方英里，好像是在大洲中央地带被掏空的一块区域，毫无疑问曾经是海床。” Pye Smith博士和Hugh Miller猜测，这片广大区域很可能部分就是挪亚洪水的舞台。后者认为，这片低陷区继续下沉，直到“因来自芬兰湾、黑海和波斯湾两侧之水的涌入，大渊的泉源裂开”；虽然这些分散海域之间所围的面积，也许比洪前人口占据的区域大得多，但引水进入的范围是可以放宽的。
几位仔细考察过这一整片地区的科学旅行家之证词，大大印证了这两位作者的想法。地质学会会长Hamilton先生这样记录他的观察结果：“在Maurek之外不远处，我发现一层薄薄的淡黄色沙层，里面充满无数贝壳，与Khorasan附近者相似，覆盖在一层结核状石灰质泥灰岩之上。这些地层都略向西北倾斜，延伸到附近山丘顶部所覆盖的黑色火山凝灰岩之下，其中毫无火山物质痕迹。我不愿在这里讨论这些地质事件如何发生，也不打算解释其成因理论；但我不能不指出，亚美尼亚这一区域的整个地质，在我看来，与圣史的记载有一种显著的吻合，这种吻合使地质研究者感到极大的吸引与兴趣。本区地质最有意思的特征之一，是一层显著的泥灰岩床，其中夹有一薄层第三纪贝壳，覆盖了相当大的地面。
我在Khorasan附近以及Anni以北特别注意到了它；它似乎与Dubois de Montpereux在更南面、但仍在亚美尼亚平原中的Arpachai或Araxes河岸所观察到的类似地层相同。它们无可辩驳地证明，在火成活动停止后不久，这里曾存在一片带有动物生命的大水体，因为这些贝壳所处的地层覆盖在凝灰岩和火山灰的大沉积层之上。它们大概是淡水贝，虽然我带回家的贻贝标本与淡水种和海种都很相似。我倾向于认为这些泥灰岩床，就是大洪水积水开始消退时所沉积下来的产物；那时在这些地方形成的湖泊与内海，在其存在的某一时期很快又充满动物生命，我想其遗骸便保存于上述薄贝壳层中。这些考虑自然引向对圣史中那些大事件的探讨，而这些事件也许是借次级原因成就的。
现代科学的发现，为我们展开新的论据和新的证据链，这些都是早期世代所未见的。我们读到挪亚洪水时，似乎不必追问全地的周界是否都被淹没，或洪水是否从极到极越过山顶。只要洪水覆盖了人类所居住的那一部分地球，对问题的目的而言便已足够；而且也不难设想一些物理作用，使地上的水在大火山爆发之前或同时被抽向一边，以致海面高于平常，或者说土地下沉；等水再次退去之后，那些地方又作为地球较高地区重新显露出来。
既然我们有圣经的证据说方舟停在亚拉腊山上（亚美尼亚），因此这片地区必曾在挪亚时代被洪水淹没；而且没有理由认为这些平原后来又曾再被淹没，所以想象这一贝壳层就是挪亚洪水的结果，并且沉积于积水仍停留在这地区的时候，并不算冒昧。”（《小亚细亚、本都与亚美尼亚研究》，1842年）Ainsworth博士（Chesney上校率领之幼发拉底远征队的军医兼地质学家）也作了类似见证。
他在科学地描述了这一区域的性质与外观，说明其中充满挪亚洪水的物理证据之后，总结说：“幼发拉底河的冲积层清楚分成巴比伦以前的（也就是挪亚以前的）与巴比伦以后的；而面积相当大的前巴比伦冲积层，包含了一切那场大灾变所沉积在地表上的物质，那灾变发生时‘大渊的泉源都裂开了，天上的窗户也敞开了。’”（《亚述、巴比伦与迦勒底研究》）基于所有这些理由，我们摒弃地理上普世性的观念，而采纳现今普遍流行的意见，即洪水是局部的，只限于人类居住地区；它临到不敬虔的世界，而审判中的唯一幸存者就是挪亚一家，以及与他一同在方舟中得保全的一个小区域中的动物，因为这些动物“较多或较少地与人因驯养及其他服役关系相连，关乎人当前和将来的福祉”（Pye Smith）。
洪水时代是异教年代学所能追溯到的最古远高点。关于这场可畏惩罚的传统，见于一切古代民族；而这公认事实丝毫不削弱洪水局部或地方性的理论，因为后来的人类世代都从挪亚一家这共同祖先而出，自然会把这场灭顶灾难的记忆带往他们分散所到的各国。
迦勒底人的“西苏得鲁斯”故事，亚细亚希腊人的“奥吉革斯”故事，欧洲希腊人与罗马人的“丢卡利翁”故事，波斯人、埃及人（Bunsen与Lepsius声称埃及象形文字碑铭没有提及洪水，但Osburn在《纪念碑历史》第239、240页已充分驳斥此说），远东的中国人与印度人，极西之地的墨西哥人、秘鲁人、智利人、北美印第安人和古巴人，北方的斯堪的纳维亚人与不列颠德鲁伊，以及南海的波利尼西亚原住民，都保存了关于洪水的传说性传奇；这些传说按各自的观念被着色，或口耳相传并纳入其神话的圣名和仪式之中，或刻在砖石碑铭上；它们由于大体相似，都证明出自一个共同源头，并都把这事看作是从天而来的审判，是因人的不可饶恕之邪恶而施加的。
其中有些传统，尤其是巴比伦或迦勒底人由Berosus记下的叙述，甚至在细节上也与圣经记载非常接近。但正如Hardwick所说：“创世记中这段记载的朴素，其各部分真实而具历史感的风貌，它与启示中一切其他事实的紧密一致，并与圣经关于人和宇宙的理论相合；再加上其中没有那些显然败坏的因素，而这些败坏只有放在它所发出的亮光中才能得以纠正并变得可理解，这一切都使基督徒所接受的这记载更具权威（参以赛亚书54:9；马太福音24:37；彼得前书3:20；彼得后书2:5），并证实它有权被视为那古老传统的真实副本，那传统一代一代从挪亚传到圣约家族的一切成员。”