第1节 保罗为基督耶稣被囚的，同兄弟提摩太，写信给我们所亲爱的同工腓利门。 这封简短的书信，无限地超越了世上一切智慧。它也给我们一个范例，说明基督徒当怎样根据更高的原则处理世俗事务。保罗为基督被囚的，这样的身份使腓利门不能拒绝他任何事。还有提摩太，这封信写于提摩太后书之前，腓立比书22。
第2节 和妹子亚腓亚，并与我们同当兵的亚基布，以及在你家的教会。 致亚腓亚，就是他的妻子，这件事部分也与她有关。以及在你家的教会，就是在那里聚会的基督徒。
第4节 我每逢为你们众人祈求的时候，常是欢欢喜喜地祈求。 欢喜，在以弗所书之后，就是那卷以爱为主调的书信，接着便是这卷不断提到喜乐的书信。“圣灵所结的果子，就是仁爱、喜乐。”而喜乐尤其使祷告有生气。整卷书信的总意是：我喜乐。你们要喜乐。
第5节 因听说你的爱心，并你向主耶稣和众圣徒所有的信心。 听说，大概是从阿尼西母那里听见的。
第6节 愿你信心所交通的功效显出来，使人知道你们各样善事都是为基督耶稣作的。 我祷告，愿你信心所交通的功效显出来，就是说，愿你的信心有效地传达给别人，使他们看见并承认你的虔诚与仁爱。
第7节 兄弟啊，我为你的爱心，大有快乐，大得安慰，因为众圣徒的心从你得了畅快。 众圣徒，就是腓利门向他们敞开家门的人，腓立比书2。
第8节 我虽然靠着基督能放胆吩咐你合宜的事， 我靠着基督可以放胆，就是借着他所赐给我的权柄。
第9节 然而像我这有年纪的保罗，现在又是为基督耶稣被囚的，宁可凭着爱心求你。 然而我因爱宁可求你。使徒提到自己有权柄可以吩咐，是多么得体地点到即止，随即放下，只是温柔地恳求腓利门听从他的朋友、他年老的朋友、如今又为基督被囚的人。在下一节里，他在说出阿尼西母名字之前，何等亲切地称他为“我的儿子”！而一提到他的名字之后，又何等巧妙地点到他从前的过失，立刻转到如今临到他的美好改变！这样就使腓利门预备好听他的请求，以及他将要用来加强这请求的各种动机。
第10节 就是为我在捆锁中所生的儿子阿尼西母求你。 我在捆锁中所生的，就是我年老时所得的儿子。
第11节 他从前与你没有益处，但如今与你我都有益处。 如今有益处。人在成为好仆人之前，不应指望他先成为好人。他显然是双关阿尼西母这个名字，因为它的意思是“有益处”。
第12节 我现在打发他亲自回你那里去；他是我心上的人。 接纳他，就是接纳我心上的人，我爱他如同爱自己的性命。这就是在基督里的父亲对属灵儿女天然的爱。
第13节 我本来有意将他留下，在我为福音所受的捆锁中替你伺候我。 替你服事我，就是你若在这里，必然乐意亲自为我所作的那些服事。
第14节 但不知道你的意思，我就不愿意这样行，叫你的善行不是出于勉强，乃是出于甘心。 叫你的善行不是出于勉强，因为腓利门本来不能拒绝这事。
第15节 他暂时离开你，或者是叫你永远得着他。 神或许容许他暂时被分开，这是较委婉的说法，为要使你永远得着他，不但在地上，也在天上。第15-16节 有的传基督是出于嫉妒纷争，也有的是出于好意； 这一等传基督是出于结党，并不诚实，以为这样可以加增我捆锁的苦楚。 有的传基督，确是出于纷争，嫉妒保罗的成功，并想借此伤害他。不诚实，不是出于真正荣耀神的愿望。但他们以为，虽然结果落空了，可以加增我捆锁的苦楚，就是借着激怒罗马人来攻击我。
第16节 不再是奴仆，乃是高过奴仆，是亲爱的兄弟；在我实在是如此，何况在你呢！这也不拘是按肉体说，是按主说。 按肉体说，是作一个尽本分的仆人。按主说，是作一个同为基督徒的人。
第17节 你若以我为同伴，就收纳他，如同收纳我一样。 你若以我为同伴，就是你的东西是我的，我的东西也是你的。
第18节 这有何妨呢？或是假意，或是真心，无论怎样，基督究竟被传开了。为此我就欢喜，并且还要欢喜。 假意，就是借着传扬福音作幌子。真心，就是怀着真正要这样做的目的。
第19节 我保罗亲笔写的：我必偿还。这是我不说你自己和你所有的，都是欠我的。 我必偿还，如果你要求的话。至于说你连自己也是欠我的，人对那些把自己灵魂赢归基督的人所负的债，是无法形容其有多大的。此外，还有接纳阿尼西母这件事。
第20节 兄弟啊，望你使我在主里因你得快乐，并望你使我的心在基督里得畅快。 使我的心在基督里得畅快，就是给我最甘美、最合乎基督之道的喜乐。
第21节 因我活着就是基督，我死了就有益处。 对我而言，活着就是基督，就是认识基督、爱基督、跟随基督；这就是我的生命、我的荣耀、我的喜乐。
第22节 此外你还要给我预备住处，因为我盼望借着你们的祷告，必蒙恩到你们那里去。 蒙恩到你们那里去，就是恢复自由。
第23节 我正在两难之间，情愿离世与基督同在，因为这是好得无比的。 离世，就是离开捆锁、离开肉身、离开世界。与基督同在，就是进入更近、更丰满的联合。离世是好的；与基督同在是好得无比的。
第25节 我既然这样深信，就知道仍要住在世间，且与你们众人同住，使你们在所信的道上又长进又喜乐。 我知道，是因他写这话时领受了先知性的指示。知道我还要与你们同住一些时候，毫无疑问，他在这次囚禁之后确实又见了他们。
第27节 只要你们行事为人与基督的福音相称，叫我或来见你们，或不在你们那里，可以听见你们的景况，知道你们同有一个心志，站立得稳，为所信的福音齐心努力。 只要，专心留意这一件，别无他事。同有一个心志，站立得稳，就是以最完全的同心合意站立。齐心努力，就是合一地运用力量与努力。为所信的福音，就是为其中所启示并应许的一切福分。
第28节 凡事不怕敌人的惊吓；这是证明他们沉沦，你们得救，都是出于神。 这就是说，他们敌挡神的道，也敌挡你们这些神的使者。这是明显的凭据，表明他们正走在通往沉沦的大路上，而你们正走在得救的道路上。
第29节 因为你们蒙恩，不但得以信服基督，并要为他受苦。 因为你们蒙赐，这是神爱的特别记号，也表明你们正在得救的道路上。
第30节 你们的争战，就与你们在我身上从前所看见、现在所听见的一样。 你们与敌对者所有同样一类的争战，就是你们从前在我身上所看见的，那时我在你们那里，使徒行传16:12；16:19，等等。