第1-5节 约拿因尼尼微得蒙保全而被激怒，便在愤懑中向耶和华祈求，求祂取去自己的性命，因为他所宣告的事并没有应验（约拿书 4:1-3）。“这事约拿大大不悦”，即这事使他烦躁、恼怒，不只是使他不喜悦；若仅指不喜悦，通常用别的表达。这里与“向”连用的结构，类似尼希米记 2:10；13:8 的用法。“大大不悦”只是加强“不悦”的意思。那极大的烦闷甚至发展为发怒。尼尼微所预告的毁灭没有发生，这件事激起了他的不满和忿怒。于是他藉着向耶和华祷告，几乎是在与神争辩。（加尔文对此说：他是在骚动中祷告，仿佛在责备神。我们必须在约拿这祷告中承认有某种敬虔，同时也有许多过失。其敬虔之处在于，他把自己的埋怨带到神面前。因为假冒为善的人，即使向神说话，内心仍是敌对神的。
但约拿发怨言时，虽然没有守住应有的界限，反被一种盲目而败坏的冲动带走，然而他仍预备顺服神，这一点我们随后就会看见。因此这里说他祷告。）“耶和华啊，这不是我还在本国的时候所说的话吗？”这里的“本国”是指巴勒斯坦。他当时所说、所想的是什么，文中没有明说；但从下文可清楚看出，就是：若尼尼微人悔改，耶和华就不会毁灭尼尼微。因此，我才抢先逃往他施，也就是想藉逃往他施来阻止现在所发生的事：你不成就你向尼尼微所说的话；因为我知道你是有恩典、有怜悯的神，等等（参出埃及记 34:6；32:14；约珥书 2:13）。“求你取我的命吧”这一祈求，使人想起列王纪上 19:4 以利亚类似的祈求；但二者所给出的动机不同。
以利亚说：“因为我不胜于我的列祖”；约拿却说：“我死了比活着还好。”必须清楚注意这一区别，因为这显明了两位先知心境的不同。以利亚在临到他的内心争战中求死，是因为他看不见自己为万军之耶和华发热心所期待的结果；换言之，那是由于工作似乎失败而产生的属灵绝望。约拿则不同，他不愿再活下去，是因为神没有执行祂对尼尼微的威吓。他厌倦生命，并不像以利亚那样出于对神荣耀和国度的强烈热心，乃是出于对自己预言未得应验的愤懑。
然而，这愤懑并不是由于自尊受伤，也不是因担心人会把他看作骗子或空谈者；也不是像加尔文所设想的那样，因为他把自己的职分与神的尊荣联系在一起，不愿神的名被外邦人讥诮，以为神徒然恐吓人；也不是因为他看见若神改变旨意，或不持守自己的话，就会给亵渎之人提供材料；而是正如路德所说（在他论约拿逃跑的话中）：“他敌视尼尼微城，对神仍存着一种犹太式和属肉体的看法。”这一点确是约拿的看法，路德从神责备他不悦和发怒的话中证明出来：“我岂能不爱惜尼尼微呢？”（约拿书 4:11）这话的意思是：约拿因神爱惜这城而不悦，又因神没有照他所传的毁灭那城而发怒，而且他本来很愿意看见那城被毁。若约拿只是出于受伤的虚荣，或出于不明智地为神的荣耀发热心，那么神责备他的话就不会是实际所用的这种方式。
照下一节（约拿书 4:4），耶和华问先知说：“你这样发怒合乎理吗？”“合乎理”在这里作副词用，正如申命记 9:21；13:15 等处，意思是：正当地、合宜地、公义地。于是约拿出了尼尼微城，坐在城的东边；那里尼尼微与群山接壤，从那里他可以俯瞰全城。他在那儿为自己搭了一座棚，坐在棚下荫中，等着看那城究竟如何，也就是看它将遭遇什么结局（约拿书 4:5）。许多解经家把这一节视为补充说明，把“约拿出了城”和后面的动词都译作过去完成时：“约拿已经出了城”等等。我们承认，这样的语法处理并非不可，但并不能证明有此必要，而且实际上极不可能。因为若约拿在四十日未满以前就离开尼尼微，到城东的棚中等待预言应验，那么在期限未到以前，他就不可能因预言未应验而发怒，神也不可能在那之前因他的怒气而责备他。
约拿书 4:6-11 所记载神对这位不满先知的纠正，不可能发生在四十日未满之前。但这一纠正与约拿离城、在城东安顿下来、等候那城命运最后裁决（约拿书 4:5）紧密相连，以致我们根本不能把它们分开，而把 4:5 的动词当作过去完成时，或把 4:6-11 的动词当作叙事性未完成时。并没有任何充分根据支持这样牵强的假设。既然约拿书 4:1 的“这事约拿大大不悦”是接续 3:10 “神就后悔，不把所说的灾祸降与他们了”，这就表明：约拿是在神没有执行祂向尼尼微所说的威吓之后，才变得烦躁和愤怒，并且也正是在那时，他借着一篇带责难意味的祷告，把自己的不满倾吐给神（约拿书 4:2）。因此，我们丝毫没有理由假定约拿是在第四十天之前离开尼尼微。
（叙述中也没有根据支持马尔克的猜想，即神早已把祂因百姓悔改而决定不毁灭尼尼微的心意告诉了约拿，因此他才发怒。）约拿没有理由害怕自己会与那城一同灭亡。若他有信心，而这一点我们不能否认，他就可以确信：神绝不会命祂自己的仆人与恶人一同灭亡，而是在适当的时候指示他离开那城。但当四十天过去，仍没有任何迹象显示那城会立刻或迅速倾覆，而且神又用“你这样发怒合乎理吗？”这样的话责备他时，神的回答就促使他离开那城，到城外对面去等候，看那城将有怎样的结局。因为这回答仍把审判临到那城保留为一种可能，约拿便顺着自己的心意，把它理解为审判只是推迟，并非取消，所以决意在城外搭棚等候，观察整件事的结果。
（狄奥多若·摩普绥提亚说得很对：“当他想到威吓何其重大时，他就设想事情终究或许还会发生。”加尔文说得更好：“虽然四十天已经过去，约拿却像被钉在原地一样站住不动，因为他还不能相信自己照着神的命令所宣告的事竟会不成就……因此，他仍留在那里，原因就在于他以为，虽然神所降的刑罚暂时停止了，但他的传道绝不会是徒然的，这城终必被毁。所以，在所定日期过去之后，他仍继续等候，仿佛结果还未定。”）然而，他的盼望终究落空；而他留在那里这件事，也完全违背了他的本意，反倒成了完成对他纠正的机会。
第6-7节 耶和华神安排一棵蓖麻，使其长在约拿以上，为他的头遮荫，“要救他脱离他的苦楚”。七十士译本把这树译作“葫芦”，路德也照此译为“Kürbiss”，但他在《约拿书》注释中却把它描述为白葡萄藤。按耶柔米所说，这是一种叙利亚语称为 Elkeroa 的灌木，在巴勒斯坦极为常见，生长在沙地，叶子宽大，能投下宜人的阴影，而且几天之内就能蹿得相当高。（耶柔米这样描述它：“这是一种灌木或小树，叶子宽大如葡萄叶，能投下极浓密的阴影，靠树干自立，在巴勒斯坦特别是在沙地生长极其繁盛。
若栽在可播种的土地上，因得迅速滋养，便会长成一棵树；几天之前你看它还不过是一株草本，如今你已见它像一棵小树。”）不过，Niebuhr 在巴士拉所见并作类似描述的 Elkeroa，乃是蓖麻，也叫“基督棕”或“神奇树”；按金基和塔木德学者所说，它就是埃及人的 Kik 或 Kiki，希罗多德（2.94）与普林尼（《博物志》15.7）都说人能从其中榨油；按 Niebuhr 所说，Elkeroa 也是如此。普林尼称之为 ricinus，并也提到它生长迅速。神使这灌木以神迹般的速度长高，以致能荫蔽约拿的头，为要救他脱离“他的苦楚”；这里并不是指救他脱离炎热的太阳曝晒，因为他在那匆忙用树枝搭成的棚里正受其苦；而是指救他脱离不悦或烦恼，也就是按约拿书 4:3 所说使他受苦的那种恶。
约拿书 4:6-9 中神名的变化值得注意。使这神奇之树长起来、为约拿遮荫的，归于“耶和华神”（约拿书 4:6）。这个复合名除了创世记 2-3 章外极少出现，这里特意选用它，是为了帮助从约拿书 4:4 的“耶和华”过渡到 4:7、4:8 的“神”。那位回应先知不满埋怨的耶和华，如今以神，也就是以神圣创造大能者的身分，使这神奇之树生长出来，为要医治约拿的愁烦。同样，为达到这一目的，那位“神”，就是位格性的神，预备了一条虫子，咬坏这神奇之树，使其枯槁（约拿书 4:7）；而“神”所安排的东风，就是那位统管自然界的神（约拿书 4:8），也协同促成对这位向神发怨言之先知的纠正。因此，这些不同的神名是经过深思熟虑使用的。
约拿因这为他预备的灌木神奇长起而大大欢喜，因为他大概把这看作神恩待他的记号，也是神赞同他等候尼尼微毁灭之心意的表示。但这喜乐并不长久。
第8-11节 到了次日黎明初起的时候，神安排一条虫子，咬坏这神奇之树，以致它枯槁；日头出来的时候，祂又安排炎热的东风，太阳曝晒约拿的头，以致他发昏。这里形容风的词，出自“安静、寂静”之意，用在风上应取“炎热、燥热”的意思，正如迦勒底文和七十士译本所示。把它解释为“耕种时节所吹的风”，或解释为“秋天的东风”，都远不恰当。约拿因日晒中暑而发昏时，他就求死，因为他死了比活着还好（见约拿书 4:3）。“他求死”，正如列王纪上 19:4，意思是“他求自己的性命死去”，这是不定式的一种宾语用法。但神像在约拿书 4:4 一样，藉发问回答他：他这样发怒是否合理。这里提到的是“神”，而不是“耶和华”（约拿书 4:4）；直到约拿书 4:9 才再次引入“耶和华”说话。
这暗示我们，正如约拿求死只是他内心情绪的表达，神这句劝戒的话起初也只是他里面与其怨言相对立的神圣声音。直到他在这内在的神圣劝戒之后仍坚持自己的恶意，耶和华才向他指出，他的怨言是何等错误。约拿书 4:9 中耶和华的说话，是神旨意借着超自然默示的显现。耶和华借着让约拿注意自己陷入的矛盾来指教他：他为一棵神奇之树的枯萎而生怜惜之情，却又因神怜悯尼尼微那数以万计的活物，并为这些生命的缘故保全那城而发怨言；而这些人中有许多甚至全然不能分辨是非。“你怜惜这蓖麻，不是你栽培的，也不是你使它生长的；一夜发生，一夜干死；何况这尼尼微大城，其中不能分辨左手右手的有十二万多人，并有许多牲畜，我岂能不爱惜呢？”这里的“我岂能不爱惜呢？”是个问句，只是问题性由语气来表明。
若约拿尚且怜惜一株小小的灌木，这灌木不是他栽种、照料，也不是他使之生长的，那么神岂不更有权利怜惜祂所创造、并一直保守的受造之物，而饶恕尼尼微这大城呢？城中有十二万多活人，不能分辨左手右手，并且还有许多牲畜。不能分辨左右手，是心智幼弱的标志。但这并不限于最早几年，例如前三年，而应延伸到七岁，因为儿童通常到七岁才首次确实学会分辨左右。按 M. v. Niebuhr（第278页）所说：“第七年末是一个极常见的年龄分界（例如波斯人中也有），而且我们可以确信，希伯来人也会采用它，因为他们极重视数字七。”若七岁以下儿童有十二万，那么总人口就有六十万，因为按 Niebuhr 的说法，这一年龄段的儿童约占总人口五分之一，而没有根据可以认为东方的比例会有本质不同。这个人口数与该城的规模完全相符。
（M. v. Niebuhr 说：“广义的尼尼微占地约四百英里见方。因此，每平方英里约有四万人。Jones 在一篇论尼尼微的文章中，按面积估计主城人口为十七万四千人。所以，四座较大的有城墙之城的人口可计为三十五万。这样，小地方和平原地带约十六平方英里上还余三十万人；也就是说，每平方英里将近两万人。”随后他又拿 Elberfeld 区和那不勒斯省的农业状况作比较，说明这样的人口密度完全适合这样的地区。Elberfeld 区每平方英里大约有二万二千人，若除去两座大城，则为一万人。若考虑土地肥沃程度的差异，这与尼尼微的人口密度大致相当。那不勒斯省在耕作方式和土壤肥沃方面都与尼尼微极其相似。
那里每平方英里约有四万六千人，若除去首府，也有二万二千人。）不能分辨左右手的儿童，也就不能分辨善恶，尚不负责任。提到这许多尚无责任能力的儿童，是饶恕那城的又一理由：若神毁灭那城，就不得不把这许多无辜者与有罪者一并毁灭。此外，城中还有“许多牲畜”。“牛群当然比灌木更贵重。若约拿因一株枯萎的灌木忧伤尚且有理，那么叫这么多无辜的牲畜灭亡，就必定是更严酷、更残忍的事。”（加尔文）“约拿对此还能说什么呢？他只得沉默，仿佛被自己的判语击败了。”（路德）因此，这段历史就在神这番话上结束了；约拿对此已无可回答，因为本书的目的至此已经达到，就是使以色列人明白主的怜悯之真实本质：祂以同样的爱拥抱万国。然而，我们也当留意先知约拿的神迹，并持守那位曾论自己说“看哪，在这里有一人比约拿更大”的主之认信。