第1节 奉基督耶稣被囚的保罗，同兄弟提摩太，写信给我们所亲爱的同工腓利门。 这封书信提供了一个最高智慧的范例，说明基督徒当如何按崇高原则处理社会事务。为耶稣基督被囚，指因基督的缘故而成为囚犯的人（参门1:13）。他不像在别的书信中那样自称“使徒保罗”；这里他是以亲切的口吻写信，不是以权威的口吻。我们的同工，指当我们在以弗所时，与我们一同建立歌罗西教会的人。（见《歌罗西书》导论。）
第2节 和妹子亚腓亚，并与我们一同当兵的亚基布，以及在你家的教会。 亚腓亚，拉丁文作“亚比亚”。她是腓利门的妻子，或是与他关系极近的亲属。若她和亚基布不属于他的家庭，这封有关家事的书信在称呼中就不会把他们与腓利门并列。亚基布，是歌罗西教会的一位执事（西4:17）。“一同当兵的”（提后2:3）。在你家的教会。由于当时没有固定的教堂建筑，信徒常使用某些圣徒的家聚会。请注意保罗的机智：他把那些因亲属关系或基督徒弟兄情谊而与腓利门家有关的人一并提及，却又不越过这个范围。
第3节 愿恩典、平安从神我们的父和主耶稣基督归与你们。 本节无 JFB 注释。
第4节 我祷告的时候提到你，常为你感谢我的神。 “常常”按阿尔福德的看法应与“我感谢我的神”连在一起。
第5节 因听说你的爱心并你向主耶稣和众圣徒的信心。 “听说”是感谢的根据。他说“听说”，用于那些他未曾见过或当时未曾探访过的教会和个人，这是一个微妙而真实的标记。歌罗西就是腓利门所住之处，他还未曾见过。然而门1:19表明腓利门是他所带领归主的。腓利门无疑是在以弗所，或别的遇见保罗的地方信主的。爱心和信心。按神学次序，先是信心，后是爱心，因为爱是信心所结的果子。但他故意把腓利门的爱心放在前面，因为他正是在劝勉他行一件爱的事。“向……向……”这里希腊文不同：前一个“向”仅表示方向；后一个“向”则含有使对方得益处的意思。
第6节 愿你信心所交通的功效，因你们各样善事在基督里得以充分承认，就显出功效来。 “使……”是说：这是我为你感谢并祷告的目的，为要使……。你信心所交通的，指把这信心及其果子，就是爱的行为（如来13:16）分给别人；或指由信心流出的慷慨施予别人。显出功效来，希腊文作“在……里”：表示他的慷慨在其中借着诸般行为得以证明。充分承认，指“充分的认识”，也就是实践上的承认。你们各样善事，指在你和你家中的教会，就是你行善的同工里面的各样善事。为免过分称赞腓利门，保罗把这荣誉也分给他的助手。另一些抄本作“在我们里面”，即指在我们这些基督徒里面的各样恩典，在于我们实际活出基督徒品格的程度。愿你的信心借着行为显明是真正“使人生发仁爱的信心”。在基督耶稣里，即“归于基督耶稣”，也就是为着祂的荣耀。本节回应门1:5所说“你向众圣徒的爱心和信心”。保罗不断在祷告中提到他，为要使他的信心更进一步向别人显出能力，彰显基督徒里面各样恩典，归荣耀给基督。这样，他就为接下来替阿尼西母所作的请求铺路。
第7节 兄弟啊，我为你的爱心得了大快乐，大安慰，因为众圣徒的心从你得了畅快。 “因为”是门1:4-6祷告的理由。我们有，较好的读法是“我有”或“我曾有”。快乐和安慰，这两个词也连用在林后7:4。众圣徒的心从你得了畅快，因为他的家向他们开放。兄弟，这个称呼放在句末，是要使他对接下来的请求更乐意垂听。
第8节 我虽然靠着基督能放胆吩咐你合宜的事。 “所以”，因为我的爱，我是“求”你，而不是“吩咐”你，或用权威命令你。我本可以吩咐，是因腓利门既借着保罗信主，就有顺服的责任。靠着基督，是他放胆的领域和根据。
第9节 然而像我这有年纪的保罗，现在又是为耶稣基督被囚的，宁可凭着爱心求你。 凭着爱心，指我对你的爱，这与我所克制不用的“放胆”形成对比（门1:8）。我的“爱”也回应你所显著的“爱”（门1:7）。“像我这样的人”，就是你所知道的我；就是保罗，这建立了许多教会、是基督的使徒、也是你信仰上的父亲，并且是有年纪的人（我的年纪理当使你尊重我的请求），如今又是为耶稣基督被囚的（这是我向你提出要求最有力的根据；若无别的理由，至少也该因怜恤我而成全我）。拉赫曼的标点更好：在“我求你”之后作句号，然后连到“像我这样的人……我为我的儿子求你”等（门1:10）。
第10节 就是为我在捆锁中所生的儿子阿尼西母求你。 “我求你”一语，从门1:9再次着重重复。在希腊文里，“阿尼西母”这个名字巧妙地放在最后；先给出对他有利的描述，然后才提到这个在腓利门面前名声不佳的名字：“我为我在捆锁中所生的儿子求你，就是阿尼西母。” 圣经并不认可奴隶制度；但也不是以政治运动的方式立即向它发动冲击。圣经提出爱邻舍的原则，这些原则终必在适当的时候，如历史所见的那样，削弱并推翻奴隶制度，却不借着煽动奴仆反抗主人来暴力震荡现存的政治架构。“福音藉着使主人基督化，便使奴仆得自由”（Wordsworth）。
第11节 他从前与你没有益处，但如今与你我都有益处。 他从前与你没有益处，这与他的名字“阿尼西母”即“有益处”的意思相反。他不但无益，且实在有害，因为他曾“亏负”他的主人。保罗用了较温和的说法。如今有益处，没有敬虔，人无论处于何种地位都不能真正有益。他在属灵的事和属世的事上都有益处（提前4:8）。
第12节 我现在打发他亲自回你那里去；他是我心上的人，你要收纳他。 “你要收纳”这句在一些抄本中省略，因此可译作“我打发他回去；他就是我心上的人”。我心上的人，意即像我肺腑深处一样亲爱。参门1:17“如同接纳我一样”。我对他的深情，如同父母对儿女的情感（耶31:20）。
第13节 我本来有意将他留下，在我为福音所受的捆锁中替你伺候我。 “我”是强调语。既然我如此信任他，甚至想把他留在身边服事我，你也可以如此。我本来有意留下他，这里的“有意”与门1:14中的“愿意”不同：这里是“我本可愿望”“我原打算”；门1:14则是“我不愿意”。替你，意思是他可以代替你来向我尽你若在这里便会因爱我而尽上的服事（门1:19）。为福音所受的捆锁，指我是因福音的缘故被捆锁（门1:9）。
第14节 但不知道你的意思，我就不愿意这样行，叫你的善行不是出于勉强，乃是出于甘心。 “不知道你的意思”，即未经你的同意。不是出于勉强，乃是出于甘心。若保罗把阿尼西母留下来，那么腓利门即使愿意成全保罗，也没有机会表明自己的甘心，因为并未先征得他的许可。
第15节 他暂时离开你，或者是叫你永远得着他。 “或者”是按人的说法，但也带着这样的信念：神的护理大概（因为我们不能武断地下定义说明神隐藏的旨意）使过去的恶最终转成更大的善。这一思想会缓和腓利门对阿尼西母过犯的愤怒。约瑟在创45:5也有类似的说法。离开你，希腊文作“与你分开了”，这是对“逃跑了”的委婉说法，为要减轻腓利门的怒气。永远得着他，意即“完全得着他归你自己所有”（参腓4:18注）。永远，指今生以及来生（参出21:6）。阿尼西母的离开，不论多久，与此后永远将他与主人联结在一起的归属相比，不过是短短的一“时”而已。
第16节 不再是奴仆，乃是高过奴仆，是亲爱的弟兄；在我实在是如此，何况在你呢！这也不拘是按肉体说，是按主说。 不再只是单纯的奴仆（虽然仍然也是），而是高过奴仆；如此，你所得着的不仅是一个奴仆的服事，更是更高的益处：按肉体说，他是奴仆；按主说，他是弟兄。亲爱的，尤其对我来说，因为我是他属灵的父亲（门1:10），也亲身经历了他忠心的服事。为免腓利门反感阿尼西母被称为“弟兄”，保罗先承认他是弟兄，因为他与腓利门同有一位属灵的父。何况在你呢，因为他与你有更近、更长久的关系。
第17节 你若以我为同伴，就收纳他，如同收纳我一样。 同伴，指在信、望、爱上的基督徒团契。收纳他，如同收纳我一样，这是接续门1:12“收纳他”的话。参见该处注释。
第18节 他若亏负你，或欠你什么，都归在我的账上。 “若”你不肯“收纳他”，是因为他亏负了你。这里“亏负”比“偷窃”更温和。阿尼西母曾向保罗承认某种这样的行为。都归在我的账上，意思是若有需要，我愿意补偿你的损失。门1:19、21表明保罗并不认为腓利门会真的要求偿还。
第19节 我保罗亲笔写下：我必偿还。这是我不说你连自己也是亏欠于我。 亲笔写下，不像在别的书信中使用代笔人；这是特别的尊重，腓利门理当藉着答应保罗的请求来表示领情。对比西4:18。那封与本书信同送的《歌罗西书》，只有末后的“问安”是保罗亲手写的。“这是我不说……”意思是“免得我说……”。你连自己也是亏欠于我，不仅是你的财物；因为你得救是借着我的服事。因此，那“他所欠你的”，既然由我担保，也就等于取消了。
第20节 兄弟啊，望你使我在主里因你得快乐，并望你使我的心在主里得畅快。 “使我……得快乐”，希腊文与阿尼西母这个名字“有益处”相关联，意思仿佛是：“让我从你得着益处，正如你本可从阿尼西母得着益处一样”；因为“你连自己也亏欠于我”。在主里，是腓利门使保罗得益处的领域。使我的心得畅快，就是借着答应这件事来满足我的心意。在主里。另一些抄本作“在基督里”。这是保罗心得安慰的范围。本节后半句回应前半句。
第21节 我写信给你，深信你必顺服，知道你所要行的必过于我所说的。 深信你必顺服，若我按使徒权柄“吩咐”你（门1:8），你也必顺服；但我并不这样做，宁愿求你，把这事当作恩情（门1:9）。你所要行的必过于我所说的，指你对阿尼西母所作的，可能不仅是善意接纳，还暗示他也许会释放他。
第22节 此外你还要给我预备住处；因为我盼望借着你们的祷告，必蒙恩到你们那里去。 保罗将要探访歌罗西的这个盼望，会促使腓利门善待阿尼西母，因为保罗届时会亲自知道阿尼西母受到了怎样的对待。你们……你们，指腓利门、亚腓亚、亚基布，以及在腓利门家的教会。后来在腓2:23-24也表达了同样的盼望。
第23节 为基督耶稣与我同坐监的以巴弗问你安。 与随本书信同行的那封信中问安的人相同，只是这里没有提“耶数，又称犹士都”。以巴弗，我的同囚。他可能是歌罗西人差来探问并服事保罗的，也可能因受罗马当局怀疑而被下在监里。不过他在西4:12并未被称作囚犯；所以这里“同囚”也可能只是指他在保罗被囚时忠心陪伴自己，把自己放在囚犯的处境中。西4:10称“亚里达古与我一同坐监”，也可能是这个意思。但参见那里的注释。本森推测这两人可能是在从前某个时候曾与保罗一同被囚，而不是指当时。
第24节 马可、亚里达古、底马、路加，也都问你安；他们都是我的同工。 本节无 JFB 注释。
第25节 愿我们主耶稣基督的恩常在你的心里（加6:18；提后4:22）。