第1节
（1）基督耶稣的囚犯。——值得注意的是，这里用“囚犯”一词来代替通常带有权柄要求的“使徒”称号，以唤起同情。在这一时期的其他书信中（见以弗所书 3:1-13；4:1；6:20；腓立比书 1:12-20；歌罗西书 4:18），使徒提到自己的被囚，主要是作为荣耀和感恩的根据，其次才是引人同情的缘由。但在这里，这封私人书信中，并且正如保罗礼貌地决意“不是凭着命令，乃是为爱心的缘故求你”，后者几乎占了全部重点。提摩太。——参腓立比书 1:1；歌罗西书 1:1。这里和其他书信一样，问安中包括提摩太，是要表明这位保罗“在信心里所生的真儿子”与使徒有一种别人所没有的亲密联系和同情。但在一切情况下，尤其在这里，这封信都显然只是保罗一人的书信。腓利门。——见导论。
第2节
（2）亚腓亚。——这名字通常被认为是罗马名字 Appia。但这样一个名字出现在希腊化的小亚细亚家庭中，虽非不可能，却也许不大可信；而莱特富特博士指出，这名字以 Apphia 的形式出现在许多弗吕家碑文中，因此很自然可以看作本地名字。几乎毫无疑问，亚腓亚是腓利门的妻子，像他一样是“所亲爱的”，虽然不像他那样是保罗“同工的”或“同伴”。我们同当兵的亚基布。——由这里提到亚基布，我们几乎可以断定他是腓利门家中的成员；通常的推测认为他是腓利门的儿子。“同当兵的”这个称呼，在别处只用于以巴弗提（腓立比书 2:25），而“基督耶稣的精兵”则用于提摩太（提摩太后书 2:3）；这似乎表明亚基布担任某种教会职分，这也与歌罗西书 4:18 对他的吩咐相合：“要谨慎尽你从主所受的职分。”在你家里的教会。——见歌罗西书 4:15 注。书信特别具有家庭性和私人性的特点，并不要求把这句话限制为腓利门自己的家人。正如问安中加上提摩太的名字，并不妨碍这封信只是保罗的；同样，在接受问安的一方提到家中的教会，也不妨碍这封信只是写给腓利门和他的家人，因为他们像他一样，都与阿尼西母有关。
第4节
（4）我感谢我的神……——请注意，这里的措辞几乎与以弗所书 1:15-16；腓立比书 1:3-4；歌罗西书 1:3-4 的问安完全相同，只不过自然地更简短、更朴素。
第5节
（5）因听说你的爱心并你向主耶稣和众圣徒的信心。——这里把“信心”说成不仅是向着主耶稣，也是向着众圣徒，这使注释家颇感困惑，也引出了各种解释。第一，有人认为这里的“信心”（如罗马书 3:3；加拉太书 5:22）只是“忠诚”的意思；但这很难作为“向主耶稣基督的信心”这一众所周知、几乎带有专门术语色彩的短语之解释。第二，有人注意到原文这里用了两个不同的介词：前一个（pros）表示朝向，后一个（eis）表示与对象实际接触，于是解释为“以主耶稣基督为对象的信心，并且这信心在实践上向众圣徒显明出来”。但即使“有”这个词可以容纳这种解释，对于这样一封书信来说，也似乎太过雕琢。第三，与同时期写给歌罗西人的书信比较——那里说“你们因听见你们在基督耶稣里的信心，并向众圣徒的爱心”（歌罗西书 1:4）——似乎就把问题澄清了。这里有一个等值的表达，不过按文法家所谓的交错配列法（chiasmus），两端和中间彼此对应。这封信贯穿始终的思想，是腓利门“向众圣徒的爱心”。保罗写到这爱心时，不能不把它追溯到它真正的源头——向主耶稣基督的信心。因此形成了这种断裂式的表达。所以意思似乎就是某些抄本中借着自然修正所表达出来的那样：“你向主耶稣的信心，和你向众圣徒的爱心。”
第6节
（6）愿你因信心所同有的交通……——保罗为腓利门祷告的大意是清楚的：愿他的“信心显出功效”，就是有活力并达到完全，“使人满有知识”。这正是监狱书信在不同形式与不同强调下开篇常有的祷告。（见以弗所书 1:17；腓立比书 1:9；歌罗西书 1:9。）这描述了基督徒生命真实的次序，正如以弗所书 3:17-19 那样充分而优美地展开：起于信心，因爱加深，从而长进到知识。但人会问：“为什么说你信心的交通呢？”第一，这短语是独特的，但所译为“交通”的词，就是通常译作“团契”或“相交”的那个熟知的词；只是有时（如罗马书 15:26；哥林多后书 8:4；9:13；希伯来书 13:16）才在技术性、引申性的意义上用于“周济的供给”。因此，这短语也许应译作“你信心的团契”，即“你在信心里的相交”。
第二，接着又会问：“这是与谁相交呢？与神，还是与人？”答案大概是“两者都有”。也许若要在属神的知识上长进，只需与神相交。但我们注意到，这知识并不仅是“各样善事”的知识，也就是一切属神之事的知识，而是“你们（或更好作‘我们’）里面各样向着基督耶稣的善事”的知识。因此，这乃是关于善的知识，也就是关于神之恩赐如何借着那使众人与基督耶稣联合的合一而住在人里面的知识。第三，要认识这一点，除了与神相交，也需要与人相交。那独自与神同住的灵魂，即便是在最圣洁的隐居中，也知道抽象的善是什么，却不知道在人里面具体真实的善是什么。但腓利门的家是基督徒生活的中心。因此，保罗完全可以说到他这种双重的“信心中的团契”，并祈求它增长，使他对神以及对在神里面的人，都得着丰满的认识。
第四，一切这样的增长都必须是“向着基督耶稣”的，既依赖与祂的联合，也服事于加深这种联合；这是这一组书信，特别是歌罗西书的特征性教义，而阿尼西母正是那封书信的带信人之一。
第7节
（7）众圣徒的心从你得了畅快。——这里继续同样的思想。保罗声明，他特别喜乐的是，“众圣徒的心（即内心）借着你得了畅快”。“畅快”这个词，正是主在祂恩慈应许中所用的词：“凡劳苦担重担的人，可以到我这里来，我就使你们得安息”（马太福音 11:28）。归根到底，圣徒的心是在主里面得安息的。但在这里，却是借着腓利门的服事；借着“信心的团契”，他以积极的爱心欢迎他们进入其中，并且在其中，他们在基督里与父并与祂的儿女相交。（参约翰一书 1:3。）保罗也常用“畅快”这个词来表达地上基督徒相交所带来的舒缓和安息。（见下文腓利门书 1:20，并参哥林多前书 16:18；哥林多后书 7:13。）我们又看见这词在启示录中用于与基督同在天上的安息（启示录 6:11；14:13）。弟兄。——这里以及腓利门书 1:20 中，保罗称腓利门为“弟兄”，带着明显而强调的亲爱之意，显然暗示他们之间有一种特别亲密的友谊，不像是在歌罗西（因为见歌罗西书 2:1），也许是在以弗所，在保罗长期停留那里的时候。大概腓利门（据说亚基布是他的儿子）与保罗年龄相仿，所以虽然实际上是保罗所带领归主的，却没有像通常那样被称为“我在信心里的儿子”。而且在这里，“弟兄”这个称呼还有特别贴切之处：因为使徒一直在说腓利门的爱，这爱使他在基督家中对众人都真正成为弟兄。
第8-9节
（8、9）所以……然而像我这有爱心的……——同样的思想继续往前。使徒心中想到的是腓利门藉着基督徒团契所显出的爱；因此他说，“为爱心的缘故”——就是以爱心的灵说话，因为他知道这会得到甘心的回应——他不愿作为使徒去吩咐那“合宜”的事，就是一个基督徒所当有的体统（参以弗所书 5:14；歌罗西书 3:18），而是愿意“求”他，如同弟兄一般。（9）就是像我这有年纪的保罗，现在又是基督耶稣被囚的。——这时保罗大概在五十到六十岁之间；经过一生无与伦比的劳苦和苦难，他完全可以称自己为“有年纪的”，也许不是相对于腓利门而言，而是相对于他需要自己“儿子”阿尼西母服事的处境而言。莱特富特博士曾建议，这里应读作“使者，并且也是基督耶稣被囚的”（在原文中只需稍作改动，甚至无需改动）。这与以弗所书 6:20 “我为这福音作了带锁链的使者”相平行，也确实与保罗在其他书信中把自己的被囚视为荣耀的语气相合，颇具吸引力。但这样的改动会大大削弱这段经文独特的美和悲怆；因为这里诉诸的是爱，而不是权柄，所以更适合想到的不是为基督作使者的荣耀，而是一个年老的人在锁链中受苦的软弱。
第8-20节
（8-20）这里保罗进入本信的主要主题——向腓利门推荐他那逃跑的奴仆阿尼西母。凡仔细阅读这封书信的人，都必看出其中有一种特别的礼貌与分寸感；在这种语气中，流露出亲切而恳切的心意，而权威也因不是用命令强加，反而显得更大。其内容在论及奴隶制度时同样极其值得注意。阿尼西母以双重身份被接纳进入基督徒家庭：他是保罗在信心里的儿子；对腓利门而言，他是在主里所亲爱的弟兄。就在这种承认中，包含着那真理；无论在理论上还是在实践上，我们都可以把这真理看作奴隶制度的毁灭。
第10节
（10）我的儿子。——更准确地说，是“我在捆锁中所生的亲生孩子阿尼西母”。这名字被暂时保留，直到腓利门对这个人产生了双重兴趣：他既是使徒“亲生的孩子”（这亲昵称呼别处只用于提摩太和提多），又是在监禁的艰难和阻碍中所生的。最后名字才被说出，而就在说出的同时，也立刻指出他已经从过去的无益变成现在对使徒和对从前主人的都有益。阿尼西母。——关于阿尼西母，我们除了这里和歌罗西书 4:9 所读到的，绝对一无所知。当然，传统对他的名字颇多附会，说他是马其顿庇哩亚的主教，或把他等同于伊格那丢《致以弗所人书》中提到的以弗所主教阿尼西母（以弗所书 1:2-6）。这名字本来就很常见，尤其在奴仆中更是如此。
第11节
（11）他从前与你没有益处，但如今与你我都有益处。——“阿尼西母”这个名字的意思就是“有用”或“有益”，虽然其词根与这里所用的词不同。几乎不可能看不出这段话中有双关语，尽管奇怪的是，古代希腊注释家竟未注意到这一点。保罗似乎是在说：“他从前辜负了自己的名字；如今却要比这名字所表达的更配得上它。”于你于我。——保罗先说“于你”，因为他正把阿尼西母送回去；又加上“于我”，则是亲切地提到阿尼西母已经向他这位属灵父亲所献上的体贴服事。
第12节
（12）你收纳他。——“收纳”一词在最好的抄本中并没有。这里是根据腓利门书 1:17 补出来的（在意义上看来显然是对的），以补足原文中一个中断的句式。我心上的人——即我自己的心肠，像我自己的灵魂一样宝贵。诚然，这个词有一种用法，是指由自己身体所生的儿女。但这并不是保罗通常的用法（见哥林多后书 6:12；腓立比书 1:8；2:1；歌罗西书 3:12，以及本书信的腓利门书 1:7、1:20），虽然用在上文“我所生的”那句话旁边，也十分贴切。
第13节
（13）我本来有意将他留下。——原文在这里很优美地在两方面区分了上下两句。前一句的动词是“愿意”；后一句是“立志”。前一句的时态是不完成时：“我本来愿意”或“我几乎愿意”（正如使徒行传 25:22，以及一个同源动词在罗马书 9:3 那里），也许暗含一个未说出的条件；后一句则是简单过去时：“我已经定意”或“最终决定”。替你。——这里同样带着一种含蓄的细致。奴仆是主人的财产；他只能代表主人、并在主人同意之下行事。保罗确信，腓利门对他的爱必然乐意给出这种同意，从而使阿尼西母成为自愿服事保罗的器皿。
第14节
（14）但不知道你的意思，我就不愿意这样行……——保罗承认，从阿尼西母服事中所得的益处，算是从腓利门而来，因为这是在他同意之下给出的。他不愿留住阿尼西母，再用书信来请求这同意，免得这同意“像是出于勉强”，就是免得它即便只是表面上，也带有被迫的样子。
第15节
（15）他暂时离开你。——这又是把阿尼西母送回去的进一步理由。保罗现在提到阿尼西母“与腓利门分离”这件事，用的措辞不仅（正如人所指出的）是委婉的，而且也暗示他的逃跑虽然在自己毫无意识的情况下，却仍被更高的手所支配。神凭着祂的智慧，使他“暂时”与腓利门“分离”，是“叫你永远得着他”。“永远”这个词，正是通常用来表示“永恒”的词。与“暂时”相对，在这里只要取相对意义的“长久”或“终身服事”，似乎也说得通；但考虑到这话是直接指向圣徒相通中的弟兄关系，最好还是按其绝对意义来理解，即在永生中的交通。
第16节
（16）不再是奴仆，乃是高过奴仆，是亲爱的弟兄……在主里面。——在这些话里，我们终于看见那绝对摧毁奴隶制度之根基的原则；因为奴隶制度是把自然的不平等夸张到抹煞更深层的自然平等之地步。第一，奴仆——那被不人道的法律和哲学视为“活的器具”的人——首先是“弟兄”，他与主人因自然关系而具有终极的平等，因此既有责任，也有权利。第二，但他也是“亲爱的弟兄”。这些自然关系不仅因责任而得坚固，更因爱而成为活的关系；这种爱固然乐意尊重他人的权利，但若不甘心甚至牺牲自己的权利来成全别人，也不会满足。第三，最重要的是，这一切都是“在主里面”的。奴仆是基督用宝血买来的，被立为神的儿子，因此对所有属神家里的人来说都是弟兄。拒绝他、凌辱他，就是拒绝基督、凌辱基督。可比较彼得把奴仆的苦难与神圣受苦者的受难作出的惊人对照（彼得前书 2:18-24）。他们与祂一同受苦，祂也在他们里面受苦。历史已经证明，只有借着这最后、最高的观念帮助之下，爱的弟兄关系才虽然极其缓慢，却又确实地取得了现实性。（见导论。）特别是于我，何况于你呢？——保罗先强调自己对阿尼西母的爱，这爱确实在整封书信的每一行都流露出来；接着便推论腓利门对他的爱应当更大——既有对自己家中乳养之人的天然之爱，也有对这位“在主里面”失而复得的弟兄的属灵之爱。
第17节
（17）同伴。——这个称呼很特别。单数形式（更显出其独特性），并且绝对地使用、不连带解释性词语（如彼得前书 5:1 那样），在别处只见于哥林多后书 8:23，那里提多被称作保罗的“同伴和同工”；即便在那里，语境也把这种同伴关系界定为与捐项和施济服事有关。这里它几乎不可能仅指一般性的基督徒团契，因为那需要诸如“在基督里”或“在圣灵里”之类的话，也不足以完全支撑这段经文强烈的个人诉求。它必然表示保罗和腓利门之间某种特殊的交通纽带。腓利门是保罗所带领归主的（见腓利门书 1:19）；但我们注意到，保罗写给他时，不称他为儿子，而称他为弟兄。显然，他是歌罗西教会中的领袖。传统一如既往，说他是那里的主教。他必定在某项共同工作或某种特别亲密的交通中，作过保罗的同伴。（见导论第 2 节。）
第18节
（18）他若亏负你。——更准确地说，“他若亏负了你”，显然是指阿尼西母逃走的时候。“或欠你什么”同样很可能是暗指当时某种偷窃行为，虽然措辞用了假设式，但对事实本身并无怀疑。都归在我的账上。——可比较腓立比书 4:15-17 中类似的商业隐喻，并见该处注释。若设想腓利门和保罗之间真有一套正规的债权债务账目（正如某些注释家所想象的），那就与使徒生活的整体风格太不相称了。
第19节
（19）我保罗亲笔写下。——保罗在这里实际上引入了一份正式的、带有法律形式的债券，并且是他亲手写的（也许整封信都是他亲手写的）。这样做时，他仍继续前一节的思路；但后面的话表明，虽然他愿意承担自己所写下的债约，他却太了解腓利门，不会以为他真会接受。由此可见，使徒有可以正当地称为自己所有的钱财。在以弗所——他大概最初在那里认识腓利门——这些钱很可能像在哥林多一样，是与亚居拉、百基拉同工做工所赚来的，也可能其中一些仍有剩余。如今在罗马，这钱的来源几乎不可能是别的，只能是腓立比教会的奉献。这是他们甘心给他的；他完全可以把它花在自己“在信心里的儿子”身上。然而我并不对你说……——直译是：“不是说到你……”在这里，保罗从上一节那种较为事务性的承诺中脱身，再次进入属灵关系那更自由的空气中。他知道提出这个承诺是他该做的，但接受它却不是腓利门该做的。腓利门连他自己——他在基督里的新生命——都亏欠使徒。这是一笔不能偿还的债；但就在这件较小的事上承认这债，他也会是甘心乐意的。
第20节
（20）兄弟啊，望你使我在主里因你得快乐。——更准确地说，愿我从你得着愉悦，或得益处；这短语尤其用于指从儿女那里所得的喜乐与帮助交织的感受。（见莱特富特博士对本节的注释。）“我”这个字是强调的。保罗把自己摆出来，为阿尼西母代求，替他说那他自己不能说的话。而“得益处”这个词恰好也是阿尼西母名字的词根，这绝非偶然。保罗实际上是在说：“愿我也从你身上发现你（正如我从他身上所发现的一样）是一个真正的阿尼西母。”
第21-25节
腓利门书 1:21-25 包含这封书信的结尾——盼望不久探望腓利门、问安、以及祝福。（21）深信你必顺服。——值得注意的是，在这个结尾中，保罗似乎不知不觉地从把腓利门当作平辈来恳求的语气，滑入一种居上者的权威语气里。“顺服”这个词见于哥林多后书 7:15，那里与“战兢”相连。他宁愿诉诸腓利门的爱；但他知道，无论如何，他都可以信赖腓利门对他的尊重。必照着行。——这几乎不可能指别的，只能指释放阿尼西母，也可能包括再把他送回保罗这里。基督教正是要这样成全奴仆的释放——不是借着命令，而是借着人从它对奴仆在基督里真实弟兄身份之鲜明宣告中，自由而自然地推出结论。（22）也给我预备住处。——这个词常常泛指“款待”；腓利门很自然可以在自己家中提供这种款待，但保罗不会主动暗示或要求。我必蒙恩到你们那里去。
——直译是“作为恩惠被赐给你们”，出自至高权柄的许可。参使徒行传 3:14；25:11 中这个词技术性和法庭性的用法：一处是好的结果，一处是坏的结果。若他真这样“被赐给”他们，从工具性的层面说，是借着该撒；从最终层面说，则是借着神掌管一切的旨意。这段话像腓立比书 2:24 一样，不过更明确地表达了保罗盼望得释放，以便再度前往东方探访。奇怪的是，与本信同送出的歌罗西书中却没有类似的提及。（23）与我同坐监的。——参歌罗西书 4:10，并见该处注释。这里的问安在实质上（虽文体更简洁）与那段经文完全一致，只是省略了“称为犹士都的耶稣”（他大概是腓利门所不认识的）。（25）愿恩惠……——这种形式的保罗常用祝福语，也见于加拉太书 6:18；腓立比书 4:23；提摩太后书 4:22。
我们注意到，由于用了“你们的”一词，这祝福像开头的问安一样，是向腓利门全家和“在他家里的教会”说的。